Embora a infecção pelo HPV seja muito frequente, esta é transitória, com regressão espontânea na maioria dos casos. Contudo, um pequeno número de casos nos quais a infecção persiste é especialmente causada por um tipo viral oncogênico, com potencial para causar câncer. Este tipo de vírus pode desenvolver lesões precursoras que, se não forem identificadas e tratadas, podem progredir para o câncer, principalmente no colo do útero, mas também na vagina, vulva, ânus, pênis, orofaringe e boca.
Existem pelo menos 13 tipos de HPV que são considerados oncogênicos com maior probabilidade de estarem associados a lesões precursoras. Dentre os HPV de alto risco oncogênico, os tipos 16 e 18 estão presentes em 70% dos casos de câncer do colo de útero. Já os HPV 6 e 11, encontrados em 90% dos condilomas genitais e papilomas laríngeos, são considerados não oncogênicos.